1989年以后方志纯的身体状况出现变化。那一年他在外出检查工作的时候突然感到不适，接着发生晕厥情况。送到医院检查后确诊为脑血栓。江西省委和医院一起商量决定，让他长期留在南昌的医院接受治疗。这样安排是为了病情一旦有变化就能马上得到救治。从那以后他的主要时间就放在医院的治疗上。

医院按照医疗规范进行用药和监测，控制住一些症状，确实帮他多维持了一段时间的生命。在住院的这些日子里，不少老同志抽时间到医院看望他。每次有老同志过来，他都让妻子朱旦华负责到门口迎接和送走客人。朱旦华按照他的交代，每次都把接待和送别的事情处理好，让探望过程顺利进行。

这样的探望在住院期间重复出现，他通过这些安排保持和老同志的联系。医院的日常治疗一直在继续，医护人员定期检查各项指标，调整方案，确保病情稳定。方志纯在医院配合各项治疗，没有提出过额外的要求。妻子朱旦华在旁边协助处理生活上的事情，让医疗过程不受影响。整个住院阶段就这样一步步过去，医疗团队的努力让他的状况得到一定程度的维持。

时间进入1993年，方志纯的身体情况已经难以继续好转。医院只能用现有的办法尽力维持他的生命。他自己对身体的变化有感觉，知道剩下的时间有限。在这一年里，有一天上午他的意识比较清醒，就把妻子朱旦华叫到身边。他向妻子表达了一个要求，希望在自己去世火化之后，由妻子把骨灰带回江西弋阳的湖塘村，安放在村里的一棵松树下面。朱旦华听完后答应了这个要求。

这是他一生中唯一一次向妻子提出个人方面的事情。提出要求之后，他继续在医院接受治疗，没有再多说其他内容。医院方面按照常规继续护理，监测他的情况。1993年7月31日，方志纯在南昌的医院因病去世。去世后，遗体按照中央对省级干部的规定进行处理，没有任何特殊的安排。遗体及时送到指定地点火化。火化完成以后，朱旦华负责把骨灰收集起来，准备带回丈夫的家乡。

朱旦华带着骨灰从南昌出发，前往湖塘村。当地百姓听到骨灰回来的消息，没有人组织号召，大家自发聚集到村口迎接。村民们主动上前帮忙，一起把骨灰送到村里的松树位置。湖塘村是方志纯的家乡，这里有他熟悉的土地和过去一起战斗过的同志们的痕迹。他选择把骨灰安放在这里，就是为了回到这个地方和那些同志在一起。

村民们帮忙挖好位置，把骨灰安放进去，然后用当地的土壤覆盖压实，整个过程按照村里的习惯完成。安放结束后，村民们自发在胸前戴上小白花，静静为他送别最后一程。朱旦华按照丈夫的要求把事情办完，没有额外的要求。整个安葬过程简单直接，村民的参与让骨灰顺利安放在松树下面。湖塘村的百姓通过这样的方式表达了对这位老同志的尊重。安葬完成后，一切按照原有的安排结束，村里的生活继续进行。

从1989年住院开始，到1993年7月31日去世，这段时间里医院的治疗一直是核心。医护人员每天进行常规检查，记录数据，调整药物，保证病情没有出现大的反复。方志纯在病房里配合治疗，妻子朱旦华守在身边处理日常事务。老同志的探望成为住院期间的重要部分，每次朱旦华都按照要求提前准备迎接，安排客人进出病区，让探望活动有序进行。这样的接待重复了很多次，帮助他保持和过去的联系。

1993年身体状况变化后，他抓住清醒的时候把后事的要求告诉妻子。这个要求只涉及火化后的骨灰处理和安放地点，没有其他内容。妻子答应后，他继续接受医院的护理，直到7月31日去世那天。去世当天，医院记录下时间，遗体按规定送去火化。火化过程严格按照中央的规定执行，没有多余的环节。朱旦华在火化后把骨灰盒收好，安排车辆出发回乡。

回到湖塘村的过程也是按照计划进行。村民得知消息后，自发来到村口道路旁等待。朱旦华抵达时，村民们上前接过骨灰盒，一起抬着走向松树所在的位置。松树是村里原有的，大家选好位置后开始安葬。村民们用工具挖开土壤，把骨灰盒放进去，然后一层一层填土，确保稳固。整个安葬没有特别的仪式，就是村里平常的做法。村民们帮忙完成所有步骤后，站在周围默立片刻。

朱旦华确认安放位置符合要求，才离开现场。这样的处理方式完全遵从了方志纯生前的交代。湖塘村作为他的出生地，一直和他的人生经历联系在一起。他在最后的阶段选择回归这里，村民的行动让这个心愿得到落实。安葬结束后，村民们各自散去，村口恢复平静。