中医认为，红曲性味甘、温、无毒，归肝、脾、大肠经，具有活血化瘀、健脾消食的作用，主要用于治疗饮食积滞、脘腹胀满、赤白下痢、产后恶露不尽、跌打损伤。李时珍赞其：“人之水谷入于胃，受中焦湿热熏蒸，游溢精气，日化为红，散布脏腑经络，是为营血，此造化自然之微妙也。造红曲者，以白米饭受湿热郁蒸变而为红，即成真色，久亦不渝，此乃人窥造化之巧者也。故红曲有治脾胃营血之功，得同气相求之理。”清代汪昂在《本草备要》中也说红曲“入营而破血，燥胃消食，活血和血。治赤白下痢，跌打损伤，产后恶露不尽”。明代缪希雍在《神农本草经疏》中说：“消食健脾胃，与神曲相同。而活血和伤，惟红曲为能。故治血痢，尤为要药。”《证治准绳》中所载史国公浸酒方中也含有红曲。
现代研究发现，红曲中莫纳可林K等生物活性物质有降血脂的作用。临床上有学者常将神曲、半夏曲和红曲用于糖尿病、高尿酸血症等代谢性疾病合并血脂异常者的治疗。《中华人民共和国药典》收录药品血脂康片（胶囊）由特制红曲加入稻米生物发酵精制而成，具有化浊降脂、活血化瘀、健脾消食的功能。
需要注意的是，脾阴不足胃火盛的患者以及孕妇需慎用红曲，无食积、无瘀血的患者不宜服用红曲。红曲与降脂药物联用时，需要注意用量，同时加强肝肾功能监测。
