清代叶天士对《脾胃论》亦推崇备至，其《临证指南医案》曰“脾胃为病，最详东垣”“内伤必取法乎东垣”，善用补中益气汤、清暑益气汤等方，于护胃阳上多有发挥，认为“食谷不化，胃火衰也”“胃中阳伤，法当温阳”，倡导“通补胃阳”，仅书中“呕吐”案属胃阳虚及相关者就有20则，常用附子、干姜、吴茱萸、半夏、益智仁、茯苓、人参等温通胃阳。治疗脾胃元气耗伤之内伤发热证，以“胃药坐镇中宫”，其“虚劳”121案中，运用甘温除热法就有19案，巧妙运用生脉四君子汤、归芍异功散、麦门冬汤等平补养胃，大大地拓宽了甘温除热的内涵。
在承扬李东垣学说基础上，叶天士将补脾扩展到养胃，提出脾胃分治说，认为“脾喜刚燥，胃喜柔润”，脾脏宜温宜升，胃腑宜清宜润，反对概用升补脾阳法，强调治胃不可采用温燥治脾法。其《临证指南医案·脾胃》案曰：“所谓胃宜降则和者，非用辛开苦降，亦非苦寒下夺以损胃气，不过甘平或甘凉濡润，以养胃阴，则津液来复，使之通降而已矣。”擅以麦门冬汤“薄味调养胃阴”，清养生津，治疗胃阴虚之津液枯竭证，必要时加白扁豆甘温健胃化湿。其后罗浩《医经余论·续脾胃论》亦提出：“治脾以燥药升之，所谓阳光照之也；治胃以润药降之，所谓雨露滋之也。”以叶天士“脾胃异治、养胃阴、护胃阳”观为标志，中医脾胃学说的完整理论体系基本形成。
