之前做过转录组测序好几次,结果都挺好的~无论是样品质控还是数据方面。
✅样本要求:
1、测序前做预实验,pcr鉴定一下目的gene是否work,如果是补数据则做这一步,如果是没有前期研究,直接做转录组测序找靶点的,不用做预实验,直接制样即可。
2、一组至少3个重复样本,以免发生数据偶然性。
3、建议至少两个细胞系测序,尤其敏感度和目的蛋白丰度相差较大的细胞。
4、转录组测序可以是细胞,也可以是rna,建议全细胞➕trizol,自己提取rna容易降解,结果可能不是很理想。
5、选择状态很好,对数期生长的细胞去做测序。
✅结果文档主要看哪里?
主要看数据库分析结果(go,kegg,gsea),以及质控(看副孔一致性,热图也可间接看出)
✅结果分析:
本文涉及的测序结果数据解读:
气泡图,火山图,热图,gsea图,go通路(cc,mf,bp),kegg通路(pathway涉及到的基础路线符号基本解读)
✅测序excel差异gene汇总表:
如何寻找目的蛋白发挥某个功能的相关gene?可看目的蛋白对应功能的go序列号,寻找序列一样的蛋白即可,可能就是靶蛋白。
🌈转录组测序算比较常见又简单的测序分析了,有些比较重要的样品也会去做单细胞测序~目前做图都是自己做,会用graphpad和r语言还是很有用的~
🌈科研小白如何💨入门生信分析?
🌟首先大家可以找一些简单的学习课程入门,例如r语言可参考图中提到的r语言笔记学习,只是自学的话可能会比较痛苦,效率也会低一些。
🌟如果小白想入门且之后进阶学习代码,还是建议找老师zhi导,学习相关课程~【生信猫】的特点是手把手教学,听过一些,体验感不错👍
🙌🏻科研小白想入门,或者医生有发文章的需求,研三还没文章的医学生们等人群,很适合‼️
✅从热门选题到分析数据,到写作,再到科研绘图,选刊,发表,审稿意见修回…最后到accept,都全程指导👍
☄️【生信猫】有生信相关,meta分析,还有孟德尔随机化等课程,可以安排~[赞R]










