从地理角度来看，台湾海峡跨海大桥应该选择南线方案最为合理。南线方案从厦门出发，最后抵达台南，线路全线总长约250公里。虽说南线方案的跨海长度相较于北线及中线方案是最长的，但这样可以直接连通金门岛和澎湖列岛，从而极大地带动这两大岛屿的经济发展。而从地质层面来看，南线海域为著名的台湾浅滩，平均水深仅数十米，非常适合修建跨海大桥。