朱棣称帝后，小舅子徐辉祖拒绝臣服，将自己关在祠堂，跪在父亲徐达牌位前哭泣。朱棣大怒，对皇后徐氏说：“我是真想杀了你弟弟。”

徐辉祖原名徐允恭，是中山王徐达的嫡长子，因避建文帝朱允炆的名讳，被明太祖朱元璋亲自赐名“辉祖”，希望他能光耀先祖、传承忠烈家风。

洪武二十一年，徐达病逝后，徐辉祖承袭魏国公爵位，先后在山西、北平等地练兵，还曾抓捕谋反的北元降将，因治军严谨、战功卓著，被提拔为中军都督府事，深受朝廷器重，建文帝继位后，更是加封他为太子太傅，成为朝廷倚重的重臣。

而徐辉祖的姐姐徐氏，自幼被朱元璋指婚给朱棣，是朱棣的正妃，后来成为永乐朝的徐皇后。

朱元璋驾崩后，年轻的建文帝继位，面对各地藩王势力过大的问题，他采纳齐泰、黄子澄等人的建议，推行削藩政策。

短短时间内，周王、代王、湘王等多位藩王被废，湘王不堪受辱，自焚而死，朝野上下人心惶惶。

燕王朱棣本就对皇位心怀觊觎，削藩之举更是让他下定决心，以“清君侧、靖国难”为名，在北平起兵，发动了靖难之役。

此时的徐辉祖，毫不犹豫地选择站在建文帝一边。

白沟河之战，南军主帅李景隆战败，徐辉祖率军奋力掩护，成功让李景隆和残余军队撤退，保全了南军的有生力量。

建文四年四月，徐辉祖率军北上，在齐眉山与燕军展开激战，大败燕军，斩杀燕将李斌，一时间，燕军士气低落，陷入窘境。可就在此时，朝中却传来流言，称徐辉祖因顾念姐夫之情，故意拥兵不前，建文帝耳根子软，听信了流言，急召徐辉祖回师南京。

徐辉祖无奈之下只能撤军，而燕军则趁机追击，南军主力损失殆尽，战局彻底逆转，不久后，南京城被燕军攻破。

值得一提的是，徐辉祖的弟弟徐增寿，却暗中投靠朱棣，为燕军传递情报，事情败露后，被建文帝当场斩杀，兄弟二人，一个忠君不二，一个背叛朝廷，形成了鲜明的对比。

南京城破后，朱棣进入皇宫，掌控了大局，随后登基称帝。满朝文武见风使舵，纷纷前往宫城朝拜新帝，希望能得到朱棣的重用，唯有徐辉祖，始终不肯低头。他独自一人走进徐家祠堂，锁上大门，跪在父亲徐达的牌位前，失声痛哭。

徐辉祖的举动，很快就传到了朱棣的耳朵里。这位刚登基的新帝，本就因为建文帝失踪、朝野未稳而心烦意乱，得知小舅子拒不臣服，更是怒火中烧。

朱棣亲自前往徐家祠堂，命人破门而入，见到徐辉祖跪在牌位前，一动不动，甚至连看都不看他一眼，朱棣气得浑身发抖，厉声质问他为何拒不臣服。可徐辉祖却始终沉默，只是拿起笔，写下了父亲徐达的开国功勋，以及朱元璋赐给徐家的免死铁券内容，明摆着就是不承认他的皇位合法性。

朱棣回宫后，一见到徐皇后，就忍不住发泄心中的怒火，咬牙切齿地说：“我是真想杀了你弟弟！”

这句话里，既有被冒犯的愤怒，也有一丝无奈。朱棣心里清楚，杀徐辉祖容易，可后果却不堪设想。

首先，徐达是明朝开国第一功臣，威望极高，深得群臣敬重，杀了他的嫡长子，必然会得罪朝中的功勋集团，动摇自己的统治根基。

其次，徐辉祖是徐皇后的亲弟弟，朱棣与徐皇后感情深厚，夫妻二人同甘共苦多年，真杀了小舅子，必然会伤害夫妻情分，甚至会让徐皇后心生怨恨。

再者，徐辉祖只是坚守气节，没有犯下谋逆大罪，杀了他会落得残害忠良的骂名，也会让天下人对朱棣的皇位合法性产生质疑。

经过一番权衡利弊，朱棣最终还是选择手下留情。他没有杀徐辉祖，只是削去了他的魏国公爵位，将其贬为庶人，软禁在徐家府邸，禁止他外出半步，以此来惩戒他的“不臣服”。

被软禁的五年里，徐辉祖始终坚守自己的气节，闭门谢客，不与外界往来，终日对着父亲的牌位沉思，郁郁寡欢。

徐皇后曾多次前来探望徐辉祖，劝他放下执念，妥协投降，承诺会想办法恢复他的自由和爵位，可徐辉祖却始终不为所动，他对徐皇后说，宅门之外皆是朱棣的皇土，自己此生，绝不踏出家门一步，用沉默的坚守，捍卫着自己的底线。

永乐五年，徐辉祖在软禁中病逝。关于他的死因，历史上有两种说法，一种是因病去世，另一种是自尽而亡，但无论真相如何，他都用一生践行了“忠君爱国”的誓言，成为了建文朝忠臣的典范。

徐辉祖去世后不久，朱棣碍于徐达的威望和舆论压力，以“中山王不可无后”为由，下诏让徐辉祖的长子徐钦承袭了魏国公的爵位，保住了徐家的荣耀，也算是给了徐家一个交代。

万历四年，明神宗在南京设立表忠祠，专门祭祀建文时期的忠臣，徐辉祖位居首位；崇祯十七年，南明弘光帝追赠徐辉祖为太师，谥号“忠贞”，肯定了他的忠诚和气节。