1949年1月，傅斯年准备前往台北担任台大校长。临行之际，他再次找上自己的表妹曾昭燏，劝她跟自己一起走。
傅斯年说这话不是随口一劝，曾昭燏1909年出生于湖南湘乡，是曾国藩之弟曾国潢的曾孙女，这个出身在当时格外敏感。更何况曾昭燏在中央博物院工作了将近十年，与各方的恩怨不是一两句能说清的，傅斯年担心她留下来早晚要被人算旧账。傅斯年提到曾家的出身，曾昭燏当然听懂了。

曾昭燏低着头，看着桌上的考古笔记，一句话也没说。

这段沉默，放在十几年前恐怕是无从想象的。1935年，曾昭燏自费去了英国，进伦敦大学学院攻读考古学，师从汉学家叶慈（Percival Yetts）。那时候国内考古还是金石学的老路子，曾昭燏却扎进了西方的测量、制图和地层分析那一套方法，一学就是两年多。

1937年，她交出了一篇整理两千余件古代铜器花纹与铭文的论文，拿到了硕士学位。之后又去德国柏林国家博物馆和慕尼黑博物馆实习，把理论和实物都捋了个明白。曾昭燏是那个年代里少数几个同时受过西方系统训练又深耕本土田野的女学者，在当时的中国学界几乎是个例外。

本来可以继续念博士，但1938年欧洲战云日紧，曾昭燏惦记着国内的战事，从法国马赛坐船回了国。1939年初到达昆明，加入中央博物院筹备处，任专门设计委员，随即带队赴云南大理苍山洱海一带主持田野发掘，整理出"苍洱文化"的概念，证明当地史前文化与中原有明显区别。1940年又转去四川彭山，调查汉代崖墓。她做事扎实，记录从不含糊，在博物院里一点一点做出了名声。

1948年底，国民政府决定将中央博物院文物运往台湾。曾昭燏得知消息，直接写信给时任教育部政务次长杭立武，话说得很重：若文物在运输中出了差错，或到了台湾有所损失，主事的人便是民族的罪人。

她还联合中央研究院院长吴有训、社会科学研究所所长陶孟和等人联名上书，坚决反对。这一举动让她在国民政府圈子里又多了几个不满她的人，但南京博物院后来的核心藏品就是这样保下来的。

傅斯年对这位表妹的性子一清二楚。他自己在1948年11月接下台湾大学第四任校长的任命，1949年1月20日台湾省主席陈诚正式下达任命书，傅斯年提笔写下"归骨于田横之岛"几个字，对这一趟去处，心里大约已经有了数。

到了台大，傅斯年把整顿学风当成第一件事，坚持学校是学术机构，不是衙门。几个月下来教学秩序稳了，学生们后来回忆说学校走上了正轨。

但1949年4月6日，一场后来被称为"四六事件"的大规模逮捕在台大与台湾省立师范学院同时发生。起因是师院学生骑车双载被捕，引发抗议，当局随即决定清查两校"匪谍"。傅斯年事前与警备副总司令彭孟緝交涉，要求军警进入校园须经校方同意，也设法为名单外的学生留些余地，但整体上配合了行动的推进。台大受到的冲击比师范学院轻一些，但外界对傅斯年的争议也随之而来。

曾昭燏最终留在了南京，1950年，曾昭燏出任南京博物院副院长，随即带队赴南京祖堂山，主持发掘南唐二陵——南唐先主李昪和中主李璟的陵墓。

条件简陋，她柱着拐杖每天跑现场，晚上在煤油灯下整理出土器物，一做就是两年多。这是新中国成立后首次对封建帝王陵墓展开的系统发掘，成果后来整理为《南唐二陵发掘报告》，于1957年正式出版，为五代十国史研究提供了扎实的实物依据。

1955年升任院长后，曾昭燏兼任南京大学历史系教授，讲考古学通论和秦汉考古。博物院里她立下规矩，考古工作者不得私人收藏古董，自己的藏品全数捐给了国家。与尹焕章合作提出的"湖熟文化"概念，填补了长江中下游地区商周文化认识的一段空白。

只是，外部的压力一年比一年重。曾昭燏一生未婚，把所有力气都押在文物上。