二零零八年，十九岁的蒋方舟已是国内知名度极高的少年作家，被认为满足清华大学自主招生 “特别优秀文学特长考生”申报门槛。最终，她被降六十分破格进入清华。这样的资格仅授予在专业领域极具成果的特殊人才。当然，这资格的获得必须经过严格审核。
首先，初审材料中要提交蒋方舟全部出版作品、文学获奖证书、专栏稿件、媒体报道档案，交由清华招生办第一轮筛选。之后，蒋方舟要参加校考笔试与超长面试，专家组对她单独考核，面试时长三小时，五位博导组成评审组，全面考察她的文字功底与思辨能力。
蒋方舟能获得降分六十分（即高考总分加六十分优惠）被清华大学录取，可见，她成功顺利地通过了上面审核考察。当年，蒋方舟高考裸分为五百六十一分，叠加六十分优惠后总分六百二十一分，高出提档线七分，被清华新闻与传播学院录取。
蒋方舟进入人民大学也并非像普通考生一样考试。当时，人大文学院设立创意写作作家班。前两届不设全国统考，实行成熟作家自主选拔，每届仅录取八人。蒋方舟成为创造性写作硕士（作家专项班）。
当然，报考作家专项班也有硬性门槛，要三项条件满足一项即可。一是出版2两部以上正式文学专著，二斩获全国性权威文学奖项，三是知名作家、评论家双人联名推荐。此时，蒋方舟已出版十余本散文集、小说，还斩获人民文学奖散文奖，完全符合招生标准。
之后，蒋方舟又通过导师组专项面试，阎连科为其主导师，综合评定通过，免试录取，并在入学时作为新生代表发言。2019年蒋方舟完成硕士毕业论文并顺利取得硕士学位。2025年，蒋方舟被举报论文有问题。经过整整一年多轮调查，人民大学正式认定蒋方舟构成学术不端，撤销蒋方舟硕士学位。