黄仁宇在其作品《万历十五年》中认为，倭寇入侵的主要原因，跟当时的国际海上贸易有着不可分割的关系。明朝自太祖开国时就禁止民间的对外海运通商，仅保留官方朝贡贸易港口通道。实质上是国家垄断海外贸易权，也并非完全切断对外的海洋联系，两百多年的时间里，时紧时松，弛紧交替。当然了，民间的海禁政策也并不能彻底完全的执行，但对沿海民众的生计却是一个重大打击，很多人铤而走险，进行武装走私，进而和真倭勾结，成为海盗。

黄仁宇指出，东南沿海的走私贸易，其实由来已久了，周边多个国家的走私商人、冒险者为逐利纷至沓来。这些走私者使用的船只，最大者可长达一百尺（约32米），宽有三十尺（约9.6米），船壳厚达七寸（约0.22米），大小超过了明朝的水师战船。有资料记载，在走私商人出没的极盛时期，每天会有1200余艘大小船只在东南沿海活动。这些贸易的活动区域，从日本各岛到暹罗湾，形状有如一弯新月。真是如此的话，那这非法的民间海上贸易似乎还很繁华！