中国与塔吉克斯坦边界长期未定和历史因素脱不了干系。在历史上，帕米尔高原和中国关系密切，汉代就叫葱岭，是丝绸之路中段，唐朝部分地区受中原辐射。但安史之乱后，中原王朝难对其施加影响。
到了近代，沙俄越过乌拉尔山向东扩张，19世纪中后期控制中亚后，开始蚕食中国西部领土，强迫清政府签不平等条约。苏联解体后，原本中苏边界争端变成中国和哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦的边界问题。虽上世纪末到本世纪初进行了边界谈判并签协定，但中塔边境仍有虚线标注的未定国界。这就是中塔边界长期未定的主要原因。