深圳海关为海关总署直属正厅级海关，管辖范围覆盖广东省深圳市、惠州市全域，负责两地所有海关管理工作。

深圳地区主要口岸与隶属正处级海关
罗湖海关：罗湖口岸（旅检）
文锦渡海关：文锦渡口岸（客货运）
皇岗海关：皇岗口岸（24小时客货运）
深圳湾海关：深圳湾口岸（一地两检）
盐田/大鹏海关：盐田港、大亚湾港区
宝安机场海关：深圳宝安国际机场（空港口岸）
西九龙站海关：广深港高铁西九龙站（一地两检）
莲塘海关：莲塘口岸
福田海关、龙岗海关、南山海关、蛇口海关、大铲湾海关等（属地口岸监管）

二、惠州地区管辖范围

覆盖惠州市全域（惠城区、惠阳区、博罗县、惠东县、龙门县），由惠州海关、惠州港海关、惠东海关负责口岸及属地海关业务。

三、监管业务范围

进出境货物、运输工具、行李邮递物品监管
关税及税费征收
查缉走私
出入境检验检疫
贸易统计与其他海关业务