《南部档案》的特效水平只能说差强人意。从一些场景来看，像“行尸走肉般傀儡”等设定，特效表现出了一定的诡异感，营造出了相应的氛围。但在某些细节上，特效就显得有些粗糙。比如剧中一些怪物的特效，边缘过渡不够自然，看起来有点假。
和《盗墓笔记》《老九门》等剧相比，《南部档案》的特效没有那么逼真和震撼。不过它的剧情设定在民国初年的南洋海域，剧组实景搭建场景，在一定程度上弥补了特效的不足。只能说特效水平中规中矩，没有成为剧集的加分项，但也不至于拖后腿。