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上小学的时候就知道达尔文了，很长一段时间和小伙伴们对“人是猴子变来的”这句话深信不疑。然而在《物种起源》（1859）中，达尔文并未直接讨论人类起源，仅在结尾含蓄地写道：“人类的起源及其历史，也将由此得到阐明。”直到1871年，他才在《人类的由来》中明确提出：人类和高等动物拥有共同的祖先。达尔文认为，人类和现代猿类（如黑猩猩、大猩猩）是平行进化的表亲关系，而非线性演变。它们共享一个远古的共同祖先，这个祖先既非现代人类，也非现代猴子。
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虽然没有弄清人类与猿猴的共同祖先到底是谁和长得什么模样，但是由于达尔文的假说太有影响力了，导致很多人不再相信《圣经·创世纪》。不过，如果因此就认为达尔文是一个坚定的无神论者就大错特错了。达尔文明确地说过自己不是无神论者，而是不可知论者。他说：“我不能假装要在这样深奥的问题上作一点最低限度的解释。万物肇始的神秘不是我们所能解决的；人们必须满足地做一个不可知论者，我就是这些人中的一个。”
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达尔文和后来的维特根斯坦有点像，后者在《逻辑哲学论》中将世界区分为“可言说”的和“不可言说”的，对于不可知的领域采取“不可言说”的态度。区别在于，达尔文是不可知论者，而维特根斯坦是不可言说者。
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威廉·佩利有一个著名的“钟表匠类比”：如同一只精密的钟表必然有一位设计者，自然界的复杂适应性也必然有一位设计者——上帝。最初达尔文接受了这一说法，但后来放弃了，因为有了更好的解释这个世界的发现：自然选择。达尔文说：自然选择是“盲目的钟表匠”，它不需要任何智能设计者，就能产生看似有目的的复杂适应性。
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但这是否意味着达尔文否定了上帝的存在呢？非也。达尔文否定的是这个论证的逻辑，而非直接否定上帝的存在。他说：“我的意见是时常变动的……当我的意见变动到最极端的时候，我从未相信过否认上帝存在的无神论。一般说来……我认为不可知论者大概是对我的思想的一种更准确的描述。”（译文稍有改动—引者注）这段话显示了达尔文的审慎。
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