真言密宗在平安时代，当然先在贵族圈发展。 第一个标志性事件，可能是899年（昌泰二年）已经退位的宇多上皇（867-931）在仁和寺剃度出家，成为日本第一个法皇，法号金刚觉（后来通称宽平法皇）。 剃度出家后，宇多法皇依然往返于宫中与仁和寺，对年轻的醍醐天皇施加影响（醍醐天皇即位时12岁，任命藤原时平为左大臣，菅原道真为右大臣）。但901年（昌泰四年，延喜元年）昌泰之变（菅原道真被贬为大宰权帅），宇多法皇反对无效，政治影响力锐减，此后他住进仁和寺，把主要精力放在佛教修行上，成为正式的阿阇梨。宇多法皇住的地方被称为“御室”（おむら），后来成为仁和寺的别名，宇多法皇也被称为御室法皇（おむろのほうおう）。 宽空（884-972）本来是宇多法皇的侍者，出家在东大寺学法相宗，醍醐天皇延喜十八年（918）在大觉寺受法皇传法灌顶，成为付法正嫡，成为仁和寺别当，又兼任东寺长者、高野山金刚峰寺座主。宽空奉法皇之意，创立上品莲台寺（仁和寺别院），又在宫中修法八次。宽空的付法弟子八人，其中最著名的是法皇的孙子、宽朝（916-998）。 天台宗智证大师円珍的弟子尊意（866-940）和宇多法皇几乎是同时代的人，成为延历寺座主。他的弟子中有一个叫良源的，是富有经商才能的学者，后来被称为“元三大师”成为民间信仰的对象。 天庆二年（939）东国有平将门之乱，西边有藤原纯友之乱，平安朝廷起了一阵恐慌，进行了各种祈祷。天台的尊意和真言的宽朝分别进行了怨敌降伏祈祷（以不动尊为本尊，焚烧护摩）。宽朝还给东征的平贞盛加持了佩剑。根据成田山新胜寺的传说，宽朝带着京都高雄山神护寺的不动尊像赴东国祈祷。